Setelah neraka misterius membunuh keluarganya, Shirou diselamatkan dan diadopsi oleh Kiritsugu Emiya, yang mengajarinya cara sihir dan keadilan.
Suatu malam, bertahun-tahun setelah kematian Kiritsugu, Shirou sedang membersihkan sekolah, ketika dia mendapati dirinya terjebak di tengah pertemuan mematikan antara dua manusia super yang dikenal sebagai Servant. Selama usahanya untuk melarikan diri, anak laki-laki tersebut ditangkap oleh salah satu Pelayan dan menerima cedera yang mengancam nyawa. Ajaibnya, dia selamat, tapi Hamba yang sama kembali untuk menyelesaikan apa yang dia mulai. Dalam keputusasaan, Shirou memanggil Hambanya sendiri, seorang ksatria bernama Saber. Keduanya sekarang harus berpartisipasi dalam Perang Cawan Suci Kelima, sebuah pertempuran royale yang terdiri dari tujuh Servant dan para penyihir yang memanggil mereka, dengan hadiah utama tidak lain adalah Cawan Suci yang mahakuasa itu sendiri.
Fate/stay night mengikuti Shirou saat dia berjuang untuk menemukan garis tipis antara pahlawan dan pembunuh, cita-citanya berbenturan dengan kenyataan pahit di sekitarnya. Akankah anak laki-laki itu menjadi pahlawan seperti ayah angkatnya, atau mati saat mencoba?
